Структурата на управление на проекта е изобразена на фигурата по-долу.

Проектът се ръководи от Проектен координатор . Неговите основни функции обхващат:

• Отговаря за оперативното и техническо управление на проекта
• Отговаря за изпълнение на препоръките, дадени от Управителния комитет
• Осигурява качество на проекта и одобрява крайните резултати
• Предлага решения и въпроси за обсъждане от Управителния комитет
• Осъществява връзка с Европейската комисия и трети страни по отношение на дейностите на проекта

Основен ръководен орган на проекта е Управителният комитет със следните функции:

• Орган за външна оценка и контрол на качеството на реализация на проекта, за отражението му в политическата сфера и за консултации
• Съдейства за синхронизиране на стратегията на проекта с Европейската и с националното законодателство
• Връзка на проектния екип със съответните институции - подпомага, консултира и съдейства за ефективно изпълнение на проекта
• Инициира създаването на Асоциация на ЦМУ

Специфична роля в проекта изпълнява Министерството на образованието и науката :

• Разработва рамка за националната стратегия за мобилността на учените
• Участва в ръководството на Управителния комитет
• Съдейства за създаване на специализирани бази данни в областта на науката и образованието
• Определя регионални ЦМУ на базата на публичен конкурс

За оперативната работа на проекта отговаря Проектният екип , който включва Проектният координатор и ръководителите на работни пакети . Последните имат следните основни задачи:

• Отговарят за реализиране на техническите цели на работния пакет
• Отговарят за реализиране на дейностите, предвидени в работния пакет
• Координират дейността на участниците в работния пакет
• Подпомагат и докладват на Проектния координатор